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追踪伤寒和抗菌药物耐药性的基因组监测

 “伤寒玛丽”(1870-1938)的海报描绘. 这是1909年《足彩平局能赚》上的一幅插图
“伤寒玛丽”(1870-1938)的海报描绘. 这是1909年《足彩平局能赚》上的一幅插图.

伤寒是一种由伤寒杆菌引起的全身感染. 伤寒). 抗菌素是伤寒疾病控制的主要手段,有效的抗菌素治疗可将并发症的发生率从10-30%降低到1%. 世界卫生组织(世卫组织)最近对一种新的结合疫苗进行了资格预审,许多该病流行的国家目前正在考虑制定国家免疫规划. 但是关于疾病负担的数据, 在大多数这样的环境中,病原体群体和抗菌素耐药性(AMR)是稀缺的. 

在哪里进行伤寒监测, 即高收入国家旅行相关感染的常规监测和低收入国家的负担研究, 全基因组测序(whole genome sequencing, WGS)已被广泛应用于伤寒杆菌分离株的鉴定. WGS数据可以提供病原体多样性和传播动态的见解, 以及出现, 抗微生物药物耐药性的传播和流行, 其中许多与了解环境中直接采样的疾病(包括区域趋势)无关, 旅行箱的获取国). 然而,公共卫生决策者无法轻易获得由此产生的数据.  

在这个研讨会, Kathryn Holt教授将概述足彩平局能赚目前对全球伤寒病原体中抗菌素耐药性(AMR)的出现和传播的理解. 然后,她将介绍一个新的交互式仪表板(TyphiNET),旨在为非基因组学专家提供一个了解基因组衍生的监测信息的窗口. 仪表盘依赖于正在开发的关键基础设施,包括:

  1. 这是一项由社区推动的努力,旨在公开分享S. 伤寒病毒的序列和来源数据,以促进下游的公共卫生监测(全球伤寒基因组学联盟);  
  2. 基因伤寒杆菌基因分型方案, 它提供了简单的, 稳定的, phylogenetically informative nomenclature to facilitate reporting 和 communication about pathogen variants; 和  
  3. 伤寒Pathogenwatch, 公共基因组流行病学平台,从基因组数据中提供基因型和抗微生物药物耐药性决定因素的统一识别(除了基于全基因组的聚类), 然后输入到TyphiNET仪表盘. 

演讲者

教授凯瑟琳·霍尔特 他是微生物系统基因组学教授和足彩平局能赚耐药研究中心的联合主任

凯特是一名专门研究传染病基因组学的计算生物学家. 她拥有生物化学专业的学士学位, Applied Statistics 和 Philosophy (University of Western Australia); a Master of Epidemiology (University of Melbourne); 和 a PhD in Molecular Biology (University of Cambridge 和 Sanger Institute). 凯特目前是英国微生物学会杂志的主编 微生物基因组学 霍华德休斯医学研究所-盖茨国际研究学者. 凯特的研究小组使用了计算基因组学和测序技术, 系统发生学, 时空分析与流行病学研究进化, 包括伤寒等热带疾病在内的细菌病原体的传播和抗菌素耐药性, 痢疾, E. 杆菌 diarrhoea 和 tuberculosis; 和 healthcare-associated pathogens such as 克雷伯氏菌不动杆菌

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